Narušení rovnováhy střevního mikrobiomu, označované jako dysbióza, je dlouhodobě spojováno s řadou onemocnění, včetně obezity, diabetu, idiopatických střevních zánětů (IBD), syndromu dráždivého tračníku (IBS), infekce Clostridioides difficile (CDI) či kolorektálního karcinomu (CRC). Porozumění mechanismu dysbiózy je však omezené a terapeutické přístupy jako transplantace fekální mikrobioty, dietní intervence nebo probiotika přinášejí nepředvídatelné výsledky.
Navzdory intenzivnímu výzkumu stále chybí spolehlivý a obecně použitelný marker, který by dysbiózu jednoznačně popsal. Dosavadní přístupy se opírají především o změny taxonomického složení mikrobiomu nebo o ukazatele diverzity. Ty se mezi jednotlivými onemocněními i studiemi liší a mají omezenou výpovědní hodnotu.
Například samotná diverzita může nabývat podobných hodnot u odlišných stavů mikrobiomu a neodráží, jak mikrobiální komunita skutečně funguje. Je proto potřeba zaměřit se na hlubší principy fungování mikrobiálního společenství, zejména na vzájemné interakce mezi jeho členy.
Španělsko-americký tým vědců přistoupil k problému netradičně a vytvořil metabolicky explicitní model střevního mikrobiomu, v němž bakteriální interakce přirozeně vyplývají ze 2 procesů − kompetice o sdílené zdroje a křížové krmení (cross-feeding), kdy metabolické produkty jednoho druhu slouží jako substrát jinému.
Model popisuje dynamiku bakteriálních populací v prostředí s kontinuálním přísunem živin. Každý mikroorganismus je charakterizován souborem metabolických drah, z nichž přirozeně vyplývají jeho interakce s ostatními. Pro jejich kvantifikaci byla definována celková míra interakcí, která zohledňuje poměr pozitivních (kooperativních) a negativních (kompetitivních) vazeb. Na tomto základě byl zaveden Ecological Network Balance Index (ENBI) vyjadřující převahu jednoho typu interakcí v mikrobiální síti. Model byl následně porovnán s metagenomickými daty z různých onemocnění.
Aniž by byl model kalibrován na konkrétní data, reprodukoval klíčové makroekologické vzorce skutečných střevních mikrobiomů, včetně funkční redundance – jevu, kdy taxonomicky odlišné druhy zastávají shodné metabolické funkce.
Model ukázal, že mikrobiální komunita může existovat ve 2 stabilních stavech odpovídajících zdravému a dysbiotickému uspořádání. Tyto stavy se liší především strukturou vzájemných interakcí. Zdravý stav je charakterizován převahou kompetice o zdroje, což omezuje dominanci jednotlivých druhů a podporuje stabilitu systému. U dysbiotického stavu převažují kooperativní vazby, zejména ve formě cross-feeding a vzniku metabolicky provázaných konsorcií.
ENBI dokázal spolehlivě odlišit zdravé a dysbiotické stavy napříč různými onemocněními, včetně IBD, IBS, CDI a CRC. Jeho výkonnost byla zachována nezávisle na geografickém původu vzorků, použité metodě taxonomického profilování (MetaPhlAn2 i mOTUs) a taxonomické úrovni analýzy (druh, rod, čeleď). Současně byla pozorována souvislost mezi hodnotou ENBI a pokročilostí onemocnění, například u kolorektálního karcinomu.
Navržený model je podle autorů zobecnitelný a potenciálně aplikovatelný na jiné typy mikrobiomů, včetně vaginálního, orálního nebo půdního. Data naznačují, že ENBI by mohl přispět k vývoji neinvazivních, časných ukazatelů rizika onemocnění a k personalizovaným strategiím obnovy střevního zdraví. Autoři práce však zároveň zdůrazňují, že mechanismy spouštějící přechod mezi zdravým a dysbiotickým stavem zůstávají neobjasněny a jejich pochopení bude vyžadovat další výzkum.
(lp)
Zdroj: Corral López R., Bonachela J. A., Dominguez-Bello M. G. et al. Imbalance in gut microbial interactions as a marker of health and disease. Science 2026; 391 (6788): 890–895, doi: 10.1126/science.ady1729.
